2011年9月6日農業部公告第1643號公布， 2015年4月29日農業部令2015年第1號修訂。
第一條 為加強轉基因棉花種子生產、經營許可管理，根據《中華人民共和國種子法》、《農業轉基因生物安全管理條例》和《農作物種子生產經營許可管理辦法》，制定本規定。
第二條 轉基因棉花種子生產、經營許可證，由生產所在地省級人民政府農業行政主管部門審核，農業部核發。
第三條 申請領取轉基因棉花種子生產許可證的，應當具備以下條件：
（一）注冊資本不少于3000萬元；
（二）生產的品種取得農業轉基因生物安全證書并通過品種審定；生產具有植物新品種權的種子，還應當征得品種權人的書面同意；
（三）具有完好的凈度分析臺、電子秤、置床設備、電泳儀、電泳槽、樣品粉碎機、烘箱、生物顯微鏡、電冰箱各1臺（套）以上，電子天平（感量百分之一、千分之一和萬分之一）1套以上，扦樣器、分樣器、發芽箱各2臺（套）以上，pcr擴增儀、酸度計、高壓滅菌鍋、磁力攪拌器、恒溫水浴鍋、高速冷凍離心機、成套移液器、酶標儀、洗板機、凝膠成像系統各1臺（套）以上；檢驗室150平方米以上；
（四）有倉庫500平方米以上，曬場1000平方米以上或者相應的種子干燥設施設備；
（五）有專職的種子生產技術人員、貯藏技術人員和經省級以上人民政府農業行政主管部門考核合格的種子檢驗人員各3名以上；有專職的農業轉基因生物安全管理人員1名以上；
（六）生產地點在農業轉基因生物安全證書批準的區域內，無檢疫性有害生物；
（七）符合棉花種子生產規程以及轉基因棉花種子安全生產要求的隔離和生產條件；
（八）有相應的農業轉基因生物安全管理、防范措施；
（九）農業部規定的其他條件。
第四條 申請轉基因棉花種子生產許可證，應當向審核機關提交以下材料：
（一）轉基因棉花種子生產許可證申請表；
（二）營業執照復印件；種子檢驗等設備清單和購置發票復印件；在生產地所在省（自治區、直轄市）的種子檢驗室、倉庫的產權證明復印件；在生產地所在省（自治區、直轄市）的曬場的產權證明（或租賃協議）復印件，或者種子干燥設施設備的產權證明復印件；計量檢定機構出具的涉及計量的檢驗設備的檢定證書復印件；相關設施設備的情況說明及實景照片；
（三）種子生產、貯藏、檢驗技術人員資質證明及勞動合同復印件；農業轉基因生物安全管理人員情況說明和勞動合同復印件；
（四）種子生產地點檢疫證明；
（五）品種審定證書復印件；
（六）生產具有植物新品種權的種子，提交品種權人的書面同意證明；
（七）種子生產安全隔離和生產條件說明；
（八）農業轉基因生物安全證書復印件；
（九）農業轉基因生物安全管理、防范措施說明；
（十）農業部規定的其他材料。
轉基因棉花種子生產許可證申請者已取得轉基因棉花種子經營許可證的，免于提交前款第二項規定的材料和種子貯藏、檢驗技術人員資質證明及勞動合同復印件，但應當提交轉基因棉花種子經營許可證復印件。
第五條 申請轉基因棉花種子經營許可證，應當具備以下條件：
（一）注冊資本不少于3000萬元，固定資產不少于1000萬元；
（二）經營的品種取得農業轉基因生物安全證書并通過品種審定；經營具有植物新品種權的種子，還應當征得品種權人的書面同意；
（三）有符合本規定第三條第三項和第四項要求的種子種子檢驗設施設備、倉庫、曬場或相應的干燥設施設備；有營業場所300平方米以上，種子加工成套設備總加工能力1噸/小時以上，配備棉籽化學脫絨設備；加工廠房500平方米以上；
（四）有專職的種子加工技術人員、貯藏技術人員和經省級以上人民政府農業行政主管部門考核合格的種子檢驗人員各3名以上；有專職的農業轉基因生物安全管理人員1名以上；
（五）有相應的農業轉基因生物安全管理、防范措施；
（六）經營區域在農業轉基因生物安全證書批準的區域內；
（七）農業部規定的其他條件。
第六條 申請轉基因棉花種子經營許可證，應當向審核機關提交以下材料：
（一）轉基因棉花種子經營許可證申請表；
（二）營業執照復印件；
（三）種子檢驗、加工等設施設備清單和購置發票復印件；種子檢驗室、加工廠房、倉庫的產權證明復印件；曬場的產權證明（或租賃協議）復印件，或者種子干燥設施設備的產權證明復印件；計量檢定機構出具的涉及計量的檢驗、包裝設備的檢定證書復印件；相關設施設備的情況說明及實景照片；
（四）種子檢驗、加工、貯藏等有關技術人員的資質證明及勞動合同復印件；專職的農業轉基因生物安全管理人員情況說明及勞動合同復印件；
（五）品種審定證書及農業轉基因生物安全證書復印件；經營具有植物新品種權的轉基因棉花種子，還應當提交品種權人的書面同意證明；
（六）農業轉基因生物安全管理、防范措施說明；
（七）農業部規定的其他材料。
第七條 審核機關應當自受理申請之日起20個工作日內完成審核工作，并簽署審核意見上報核發機關。審核時，應當對營業場所、加工倉儲設施、檢驗設施設備進行實地考察并查驗有關證明材料原件。
核發機關應當自收到申請材料和審核意見之日起20個工作日內完成核發工作。核發機關認為有必要的，可以進行實地考察。符合條件的，發給轉基因棉花種子生產、經營許可證并予公告；不符合條件的，書面通知申請人并說明理由。
第八條 轉基因棉花種子生產許可證編號為“__（x）農種生許字（x）第x號”，“__”上標注“g”，第一個括號內為發證機關簡稱，第二個括號內為首次發證年號，第三個號碼為四位順序號。
轉基因棉花種子經營許可證編號為“__（x）農種經許字（x）第x號”，“__”上標注“g”，第一個括號內為發證機關簡稱，第二個括號內為首次發證年號，第三個號碼為四位順序號。
第九條 轉基因棉花種子生產許可證有效期為3年，經營許可證有效期為5年，同時不得超出農業轉基因生物安全證書規定的有效期限。
第十條 轉基因棉花種子生產、經營許可的其他事項，按照《農作物種子生產經營許可管理辦法》有關規定執行。
第十一條 本規定自2011年10月7日起施行。本規定施行之日前已取得轉基因棉花種子生產、經營許可證，且有效期在本規定施行之日至2012年10月7日屆滿的企業，其許可證的有效期自動延展至2012年10月7日，但農業轉基因生物安全證書的有效期在2012年10月7日前屆滿的，該企業轉基因棉花種子生產、經營許可證的有效期以安全證書的有效期為準。
